As instalações da Unidade Ilha Grande são, em sua maior parte, edificações restauradas e recuperadas do antigo Instituto Penal Cândido Mendes.
Unidade Básica de Saúde
O posto de saúde da UERJ na Ilha Grande foi reformado para abrigar a Administração da Unidade Ilha Grande e a Unidade Básica de Saúde Márcio Tadeu Ribeiro Francisco. A unidade de saúde é constituída por uma sala de recepção, um consultório de atendimento, uma sala de procedimentos, um consultório odontológico, dois banheiros, uma cozinha e um alojamento. Na porta de entrada há uma escada e rampa de acesso para deficientes físicos, para atendimento aos permissionários, a pesquisadores, docentes e discentes. Atualmente, o espaço encontra-se em processo de transição para a Pró-Reitoria de Saúde da UERJ.
Centro de Convivência
O antigo Cassino Militar foi totalmente reformado e transformado no Centro de Convivência para utilização de alunos, pesquisadores e permissionários do Campus UERJ Ilha Grande. As novas instalações possuem salão multiuso para reuniões, encontros, eventos culturais, palestras e demais atividades realizadas pela UERJ e pela população, contando com palco e infra-estrutura de bar e lanchonete. Atualmente, o espaço é administrado pelo ECOMIG.