A conformação geomorfológica representada por uma enseada delimitada por dois rios, o Barra Grande (Andorinha) e o Barra Pequena, cada qual, em uma extremidade da praia é responsável pela denominação da vila de moradores existente na área do CEADS,Vila Dois Rios. A referência a estes dois rios é realizada desde o período colonial quando foi erguida no local, a Fazenda de Dois Rios. Esta menção se perpetuou com a instalação da Colônia Correcional de Dois Rios (1894). Durante o período carcerário, que durou por 100 anos, a vila construída para abrigar funcionários civis e militares do presídio, era designada Vila da Colônia. De 1894 a 1994, as instalações de Dois Rios passaram por períodos de atividade e inatividade, porém nunca deixaram de integrar o sistema penitenciário, apresentando, entretanto, perfis e nomes diversos ao longo do tempo: Penitenciária Agrícola do Distrito Federal, Colônia Agrícola do Distrito Federal e Instituto Penal Cândido Mendes. A implantação dos presídios na localidade gerou a necessidade da construção de moradias para os funcionários (civis e militares) e presos em liberdade condicional e de edificações como a igreja, o destacamento da Polícia Militar, a escola pública, o “cassino”, as garagens para as viaturas oficiais, os bares etc. Um pequeno núcleo populacional foi então erguido nos arredores da penitenciária, que, apesar de estar concentrado na área mais próxima ao presídio estendia-se tanto em direção à Praia da Parnaioca como em direção à Vila do Abraão e à Praia do Caxadaço. Assim surgiu o atual povoado de Dois Rios que, até o ano de 1994, funcionou como uma espécie de apêndice do presídio.
Com a retirada do presídio o Governo do Estado do Rio de Janeiro concedeu a UERJ, por meio do Termo de Cessão de Uso nº 21, de 18/10/1994, toda a área e benfeitorias ocupadas pelo Instituto Penal Cândido Mendes. A cessão da área física compreende o período de 50 anos, com possibilidade de renovação e estabeleceu dentre os compromissos assumidos pela UERJ, a implantação de um Centro de Estudos Ambientais com o objetivo de inventariar e preservar a diversidade local e de um Museu para documentação e divulgação dos recursos naturais existentes e dos vários aspectos que envolvem a memória e as características locais. As atividades da UERJ tiveram início imediatamente após a efetivação do Termo de Cessão e em 1998, com o apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), foi criado o Centro de Estudos Ambientais e Desenvolvimento Sustentável (CEADS), cujas metas principais foram congregar e gerenciar as atividades de pesquisa, ensino e extensão desenvolvidas na Ilha Grande e consolidar um pólo de formação de recursos humanos. Em 2009 foi inaugurado o primeiro módulo do Ecomuseu Ilha Grande.Com a criação do CEADS e do Ecomuseu, aos antigos moradores de Dois Rios foram acrescidos os funcionários da UERJ que se mudaram para o povoado e uma “população flutuante” formada por funcionários, professores e alunos da Universidade que, sistematicamente, realizam suas atividades (projetos) na Ilha Grande.